1947年６月

当社は金子才十郎商店を母体とした群馬県種苗統制株式会社（後に商号変更し群馬県農産種苗株式会社となる）の卸販売部門が独立し、資本金18万円にて前橋市栄町（現千代田町）に発足。

1963年６月

当社が群馬種苗株式会社(群馬県農産種苗株式会社より1948年６月に商号変更）と合併。（資本金1,000万円）

1967年11月

前橋市古市町（現所在地）に本社を新築移転。

1973年８月

東京緑肥種子株式会社を合併し東京支店を新設、種苗営業部門に緑飼部を発足。

1977年４月

前橋市千代田町に株式会社カネコガーデンショップを設立。

1981年11月

日本証券業協会に店頭登録。

1982年10月

フィリピンに現地法人フィリピーナス・カネコ・シーズ・コーポレーション（現・連結子会社）を設立。

1985年８月

バイオテクノロジー研究専門の波志江研究所を伊勢崎市に建設。

1987年12月

バイオテクノロジー技術によりナガイモ、ヤマトイモ、サトイモ等のミニチューバー（ウイルスフリーの小さい種イモ）の作出に成功。

1990年９月

タイに現地法人カネコ・シーズ・タイランド・カンパニー・リミテッド（現・非連結子会社）を設立。

1991年１月

本社現所在地に本社屋並びに総合倉庫を新築。

1991年12月

株式会社三福並びに株式会社宇塚至誠堂を合併。

1992年12月

協和産業株式会社を合併。

1996年12月

株式会社コバヤシを合併。

1997年12月

株式会社ナカジマ園芸を合併。

2002年４月

日本たばこ産業株式会社より、花卉品種に係る知的財産権等の一部を譲受。

2002年10月

株式会社アスカムの農薬の販売に係る営業を譲受け、古川営業所及び山形営業所を設置。

2002年12月

木徳神糧株式会社の園芸用品の販売に係る営業を譲受。

2003年１月

安藤株式会社の農薬の販売に係る営業を譲受。

2004年12月

日本証券業協会への店頭登録を取消し、ジャスダック証券取引所に株式を上場。

2007年１月

株式会社ゲン・コーポレーションの飼料作物種子の育種・生産・販売に係る事業を譲受。

2010年３月

株式会社ベルデ九州の株式51%を取得。

2010年４月

ジャスダック証券取引所と大阪証券取引所の合併に伴い、大阪証券取引所ＪＡＳＤＡＱに上場。

2012年３月

株式会社ベルデ九州の株式49%を追加取得し、完全子会社化。

2012年６月

株式会社ベルデ九州を合併。

2013年７月

大阪証券取引所と東京証券取引所の現物市場統合に伴い、東京証券取引所ＪＡＳＤＡＱ（スタンダード）に上場。

2014年６月

前田農薬株式会社の株式100％を取得し、完全子会社化。

2015年８月

東京証券取引所市場第二部に市場変更。

2016年５月

東京証券取引所市場第一部に指定。

2017年12月

前田農薬株式会社を合併。

2018年４月

日東農産種苗株式会社が自社開発した野菜品種(主にパセリ・レタス・エダマメ)の遺伝資源及び生産・販売に関する事業や、花き種苗の遺伝資源などを譲受。

2021年２月

2022年４月

株式会社カネコガーデンショップを清算。

東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からスタンダード市場に移行。