HPCシステムズ株式会社およびその子会社は、科学技術計算用コンピュータ事業（HPC事業）と産業用コンピュータ事業（CTO事業）の２つの主要事業を展開している。
HPC事業では、主にライフサイエンスとマテリアルサイエンス領域に焦点を当て、高性能計算や計算化学を用いたソリューションの提供を行い、超高速計算や大規模データ解析を実現する技術支援を行う体制がある。
また、クラウドサービスやリモートHPCサービスも展開し、顧客の計算ニーズに対応している。
CTO事業は、顧客の要求に応じた組込コンピュータの開発および製造を手掛け、各種産業機器への高信頼性のコンピューティングソリューションを提供する。
これらの事業により、同社は科学技術と産業の発展に寄与することを目指している。