1946年３月

東京都淀橋区角筈２丁目93番地に資本金５百万円をもって、国産原油の輸送を主たる業務とする「日本原油輸送株式会社」設立。

1946年６月

東京都千代田区丸の内三丁目10番地に本店移転。

1948年１月

社名を「日本石油運送株式会社」と改称。

1949年３月

東京都千代田区紀尾井町３番地16号に本店移転。

1957年６月

社名を現在の「日本石油輸送株式会社」と改称。

1957年11月

有限会社丸の内保険代理店（現株式会社ニチユ）を設立。（現非連結子会社）

1958年２月

東京都千代田区丸の内二丁目18番地（現在の二丁目２番２号）に本店移転。

1958年６月

化成品の鉄道タンク車輸送を開始。

1961年２月

秋田県下における自動車輸送事業を東北石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）として分離。

1962年２月

中京、阪神地区の自動車輸送事業を近畿石油輸送株式会社として分離。（現連結子会社）

1964年４月

京浜・中京・阪神地区の自動車輸送事業を関東石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）、関西石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）としてそれぞれ分離。

1967年４月

東京証券取引所市場第二部へ株式上場。

1968年２月

化成品部を設置。

1971年４月

札幌地区の自動車輸送事業を札幌石油輸送株式会社（現株式会社エネックス）として分離。

1972年10月

川崎洗浄基地（現在のメンテナンスセンター）を設置。

1978年３月

成田空港向けジェット燃料輸送開始。（1983年８月輸送終了）

1978年９月

東京証券取引所市場第一部へ株式上場。

1984年３月

コンテナ部を設置。

1985年３月

レンタルコンテナの営業を開始。

1998年７月

子会社である札幌石油輸送株式会社、東北石油輸送株式会社、関東石油輸送株式会社および関西石油輸送株式会社の４社は、関東石油輸送株式会社を存続会社として合併し、株式会社エネックスに商号変更。（現連結子会社）

2000年３月

日本初のＬＮＧコンテナの鉄道輸送を開始。

2001年９月

株式会社ニチユを当社100％子会社化。

2002年12月

東京都品川区大崎一丁目11番１号に本店移転。

2003年３月

東海ツバメサービス株式会社は、株式会社ニュージェイズに商号変更。

2004年４月

共栄企業株式会社（現株式会社ＪＫトランス）を当社100％子会社化。（現連結子会社）

グループ環境安全室（現グループ安全推進部）を設置。

2004年10月

株式会社極液（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。

2005年４月

コールドガス・キャリアー株式会社（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。

2005年７月

子会社である株式会社エネックス、株式会社極液およびコールドガス・キャリアー株式会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。

2006年４月

東日本液体物流株式会社（現株式会社エネックス）を当社100％子会社化。

2008年４月

内部監査室、ＬＮＧ部を設置。

2010年２月

子会社である株式会社エネックスおよび新潟ペトロサービス有限会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。

2011年７月

子会社である株式会社エネックスおよび東日本液体物流株式会社は、株式会社エネックスを存続会社として合併。

2012年４月

共栄企業株式会社は、株式会社ＪＫトランスに商号変更。

2013年４月

海外事業室を設置。

2013年10月

日本、中国、韓国、台湾の４カ国間にてＩＳＯタンクコンテナの国際Ｏｎｅｗａｙ輸送を開始。

2013年12月

日秋興業株式会社を株式会社エネックスに吸収合併。

2014年10月

国際Ｏｎｅｗａｙ輸送の営業エリアを４カ国から１０カ国に拡大。

2015年４月

海外事業室を海外事業部に改組。シンガポールに駐在員事務所を設置。

2018年１月

シンガポール駐在員事務所をシンガポール支店に改組。

2019年10月

東京液体運輸株式会社を株式会社エネックスに吸収合併。

2021年４月

経営企画室、資産運用部を設置。

2021年７月

事業部（石油輸送事業部、高圧ガス輸送事業部、化成品・コンテナ輸送事業部）を導入。

2022年４月

東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所市場第一部からスタンダード市場に移行。

2025年４月

化成品・コンテナ輸送事業部を再編し、化成品輸送事業部とコンテナ輸送事業部とに改組。

子会社である株式会社エネックスおよび株式会社ニュージェイズは、株式会社エネックスを存続会社として合併。