1969年8月

札幌市北区において受託臨床検査を目的として資本金130万円にて株式会社第一臨床検査センターを設立。

1981年11月

北海道旭川市に設立された株式会社第一臨床検査センターに資本参加。

1988年3月

株式会社第一臨床検査センター(旭川市)を吸収合併。

1988年10月

本社を札幌市東区に移転。

1989年5月

株式会社オータニを吸収合併し、ドラッグストアを承継。臨床検査事業を診断事業部、販売事業をリテール事業部(のちの物販事業部、現 リテール事業)とする事業部制を採用。

1993年5月

北海道旭川市に「第一薬局」(現 アイン薬局豊岡店)を開局し、薬局事業に参入。

1994年3月

日本証券業協会に株式を店頭登録。

1994年5月

薬局名称を「アイン薬局」に統一。

1994年6月

東京都新宿区に子会社の株式会社アインメディカルシステムズを設立。

1995年5月

薬局事業を物販事業部(現 リテール事業)から分離し、医薬事業部(現 ファーマシー事業)を新設。

1996年10月

ドラッグストア店舗名称を「アインズ」に統一。

1998年10月

臨床検査事業の全部を株式会社第一臨床検査センター札幌ラボラトリーに営業譲渡。

1998年11月

株式会社アインファーマシーズに商号を変更。

1999年2月

丸紅株式会社と株式会社アインメディカルシステムズとの三者間で、薬局事業に関する業務提携及び資本提携契約を締結。

2002年10月

株式会社アインメディカルシステムズが日本証券業協会に株式を上場。

札幌市中央区に新業態のコスメ&ドラッグストア「アインズ&トルペ地下街店」を出店。

2004年1月

コスメ&ドラッグストア業態への事業集約のため、関東地区のドラッグストアを営業譲渡。

2004年9月

医療に関するコンサルティング及び情報誌を販売する株式会社メディウェルを子会社化(2007年4月期より連結子会社)。

2006年4月

株式会社ホールセールスターズ(連結子会社)を設立し、ジェネリック医薬品の卸売業を開始。

2007年1月

株式会社ダイチクを子会社化。

2007年6月

株式会社あさひ調剤を子会社化。

2008年6月

株式会社アインメディカルシステムズとの株式交換により、同社を完全子会社。

2008年8月

株式会社セブン&アイ・ホールディングスと業務提携及び資本提携契約を締結。

2009年4月

東京証券取引所市場第二部に株式を上場。

2009年6月

株式会社セブン&アイ・ホールディングス、株式会社イトーヨーカ堂及び株式会社セブン-イレブン・ジャパンと共同出資により、ドラッグストア運営会社「株式会社セブンヘルスケア」を設立。

2010年4月

東京証券取引所市場第一部指定。

2010年5月

札幌証券取引所に株式を上場。

2013年11月

本社を札幌市白石区に移転。

2015年9月

株式会社アユーララボラトリーズを子会社化。

2015年11月

持株会社体制への移行に伴い、商号を株式会社アインホールディングスに変更し、事業部門に関する権利義務を連結子会社である株式会社アインファーマシーズに承継。

2019年3月

土屋薬品株式会社(現 株式会社アイン信州)を子会社化。

2019年11月

子会社株式会社アインファーマシーズがメイクアップコスメブランド「DAZZSHOP」の事業を譲受。

2020年3月

シダックス株式会社と業務提携契約を締結、同社子会社シダックスアイ株式会社(現 株式会社アインファーマシーズ)を子会社化。

2022年4月

東京証券取引所の市場区分見直しにより、市場一部からプライム市場へ移行。

2022年5月

株式会社ファーマシィホールディングス(現 株式会社ファーマシィ)を子会社化。